Hikaye 2025 yılında geçiyor. Ancak, gezegen fetheden Troobian İmparatorluğu yıkıcı dikkatini Dünya'ya çevirdiği için barış kısa ömürlü oluyor. Dünyanın ilk savunma hattı olan S.P.D. A-Takımı iz bırakmadan gizemli bir şekilde ortadan kaybolur, gezegenin koruması yerine geçenlere düşer: Köpeğe benzeyen uzaylı komutanları Anubis "Doggie" Kruger'ın rehberliğinde B-Takımı Korucuları.