Samurai Marathon 260 yıldır dünyaya kapalı bir şekilde, barış içinde yaşayan Japonya'ya, Amerikan emperyalistler gelir. Ülkenin efendisi amaçlarının dostane olmadığını farkeder ve barış içinde yaşamaya alışıp güçten düşen samuraylarını eğitmek ve güçlendirmek amacıyla uzun bir maraton düzenler.