Hikâyede, Doraemon, Nobita, Shizuka, Gian ve Suneo, Karayip Denizi'ndeki bir maceraya başladılar. Nobita, bir geminin kaptanıdır ve düşmanlarını gemide savaşır. Shizuka kaçırıldı ve bir fırtına yolculuğunu engelledi. Mini-Dora, Nobita ve arkadaşlarına seyahatlerinde yardımcı oluyor. Maceracılar nihayet gizemli Treasure Island'ı bulduğunda, sıradan bir adadan daha fazlası olduğunu keşfettiler.