Özel araştırmacı Kogoro, Tokyo Zirvesindeki devasa Okyanus tesisine bir patlama yapmakla suçlanıyor. Kogoro tutuklandı ve Conan ismini temizlemek için bir soruşturma yürütüyor. Ancak, bu pek çok isimle giden bir Siyah Örgüt üyesi olan Tooru Amuro'nun soruşturmasına müdahale etmesi zorlaşıyor.