Fire-Starter olarak bilinen hayaletlere bulaşan bir virüs sistemde yayılmaya başlayıp Japonya Başbakanı'nın öldürülmesiyle sonuçlanınca, Binbaşı Motoko Kusanagi ve özel ajanlardan oluşan seçkin ekibi, kaynağının izini sürmek için çağrılır.